Dans le cas d’épilepsies ne répondant pas de façon satisfaisante à un traitement antiépileptique bien conduit (c'est-à-dire approprié au type d’épilepsie, pris à posologie efficace et pendant une durée suffisante : épilepsie pharmacorésistante), il est possible d’envisager un traitement chirurgical (chirurgie de l’épilepsie). Il s’agit d’une procédure complexe réservée à des centres spécialisés et expérimentés. Le principe est de pouvoir retirer la région du cerveau qui est à l’origine de toutes les crises présentées par le patient.
Ce type d’opération n’est possible que si deux conditions sont préalablement vérifiées, qui font l’objet du bilan préchirurgical (et qui peut durer plusieurs mois, du fait des précautions nécessaires).
La chirurgie de l’épilepsie concerne les adultes et les enfants, et ne nécessite par la présence d’une lésion cérébrale objectivée par l’IRM. En revanche, elle ne peut pas être considérée dans le cas des épilepsies partielles « idiopathiques », dont la grande majorité connait une guérison spontanée.
Il existe également des procédures chirurgicales dites « palliatives », dont l’objectif est la réduction de la fréquence et/ou de l’intensité des crises. Ces procédures, comme la stimulation du nerf vague, ne visent pas la guérison de l’épilepsie, mais une amélioration de la qualité de vie. Elles sont également réservées aux épilepsies pharmacorésistantes, lorsque la chirurgie de l’épilepsie curative (décrite plus haut) est rendue impossible.